据有关部门的统计，在武夷山国家级自然保护区内，目前有茶园面积8000亩。2007年底，武夷山市茶业资源普查工作领导小组对保护区内桐木村的茶业资源普查结果显示，该村现有茶同面积6806亩，占星村镇茶园总面积的14.3％；占保护区内茶园总面积的85.08％，其中菜茶3653亩，占53.67％；水仙31—46亩，占46.23％；肉桂，7亩，仅占0.1％。全村现有347户农民种茶，占全村农民总户数的88％；2007年全村共生产加工红茶十毛茶295.6吨，产值3000多万元。
武夷山市茶业资源普查结果表明，自然保护区内的茶树品种资源主要有两大类。一类是菜茶，也叫奇种，栽培历史悠久、品系多；另一类是水仙，为外来种，栽培时间相对较短，与区外水仙种相比，已发生了变异，更适宜在区内生长。
(一)菜茶品种
武夷菜茶属有性繁殖群体。这些群体由于经过长期的自然授粉杂交，不断分离，呈现多样性，演变出许多优良单株。历代的专家。茶农对这些单株分别采制，按成品茶质量是否优异为标准，经反复评比，对品质优异者，依据不同特点命以“花名”，再从种种“花名”中评出”花枞”，最后按其生长环境、茶树形态、叶形、发芽迟早、成品香型、栽植年代。神话传说等予以命名。1943年，林馥泉对武夷菜茶进行调查，结果显示仅以叶片外形为准，就可分为9种类型。
1.武夷菜茶代表种即武夷菜茶中之最多者。茶树生长极为旺盛，树高88厘米树冠直径：100厘米，主干不显著，枝条多细小，朝天丛生枝干着生角度为30～50度，枝叶角度为30～40度，节间距1.5～2厘米，幼叶呈浅红色，老叶色翠绿。叶片向外向上平展，略呈“V”形，叶面光泽，质厚而脆。叶脉细而略显，多为7～9对，叶齿深而密，齿数28～32对，叶尖锐，尖端向下成弓形弯曲。叶长8厘米，宽3厘米萌芽力旺盛。花冠3.2厘米，花瓣5～8瓣，花柱头稍短于花丝，柱头3裂，结实性中等，一果二三籽。
2.小园叶种树高125厘米，树冠105厘米，主干粗约1厘米，暗灰色，枝干直立稀疏，枝条多弯曲斜生，节间距短，枝十角度60度以上，枝叶着生角度80度内外。叶质厚，叶短圆形，尖端钝，像桃仁形。叶色暗绿，居多叶面光泽，叶肉略呈隆起，叶缘略向内翻，主脉明显，细脉6对叶背面呈银绿色，有细小白绒毛。叶萌芽期略迟。花蕊不多，且结实较少。
3.瓜子叶种树矮小，高51厘米，树冠直径93厘米，枝一下皮粗，灰褐色，枝
条细小而丛生，节间距短，枝干角度30～40度，枝叶角度20～30度。叶密生朝天，叶缘内翻，叶色暗绿，叶片有光泽，叶脉细而不显。叶齿锐细密，16～20寸，叶尖钝向下弯曲，叶柄短。叶长2.6～3.3厘米，宽1.2厘米，叶全形正如瓜子。萌芽期早，着芽不盛，花期10月下旬至12月上旬，花冠2.5～4厘米，花丝细而短，数达206个，柱头与雄蕊平，3裂。
4.长叶种树高：160厘米，树冠93厘米，主干直径1.5～3厘米，枝干多朝天着生，灰白色，枝条细密，干枝角度35～60度，叶着生角40度左右，叶色暗绿；嫩叶浅绿而带紫色。叶面有光泽。叶片向外向上斜展，横断面“V”形，叶缘有波状。叶脉粗显，6～l0对。叶齿粗而锐，齿数35～40对。叶尖长稍钝，叶柄稍长。叶面长l2厘米，宽3.1厘米。萌芽期迟，常于首春制茶结束前三四日。花期10月下旬至11月下旬，花朵大如水仙茶之花，直径4.8厘米以上，柱头长1.2厘米，高于雄蕊，在五分之三处分3裂。
5•小长叶种树高80厘米，树冠直径100厘米，枝干细而多弯曲，密集丛生，分枝多。枝干角度为20～35度，枝叶着生角度为40度上下。叶厚硬，浓绿色，叶面平滑而有光泽，幼叶呈紫红色。叶片向外向上伸展，全叶成船底龙骨形。叶脉细而不显，7～8对。叶齿稍深，齿距宽，齿24～28对。叶尖端长而稍钝。叶长4～5厘米，宽1.5～2.0厘米。萌芽迟。花朵不多，开花期l0月中旬至12月中旬，花冠直径2.5～3厘米，花瓣大者4片，小者2片，花丝细而短，柱头长1厘米，分裂情形与前一种同，结实性弱。
6•水仙形种树叶如水仙叶形，故称水仙形种。树高154厘米，树冠直径110厘米，干粗1.2厘米，干皮黄褐色，问带灰白点，枝条疏生，节间距3.5～4.5厘米。枝干着生角度45度间，枝叶着生角度50～70度；叶色翠绿，质厚而脆。叶面光泽，叶片成船底龙骨形。叶缘朝天，叶脉粗而显、脉数9对。叶齿深而疏，35对。叶尖端向下弯曲。叶长8.5～10厘米，宽3.5～4.5厘米。幼叶淡黄色。萌芽期早。花不多，花期11月上旬至12月上旬。花冠直径3.5～4厘米，花瓣大5片，小2片。花丝粗短，柱头稍长，在三分之二处分3裂，结实性弱。
7.阔叶种树高95厘米，树冠直径93厘米。主干细小，灰白色。枝条细而柔软，较密生。枝干角度30～40度间，枝叶角度约60度。叶薄而阔，色浓绿稍带银灰色，向内皱起。叶缘向上内翻。叶脉粗显，脉数7～8对，叶齿浅密，齿数35～40对，叶尖长而稍钝。叶长9.4厘米_宽3.3厘米。花期自11月上旬起。花冠直径5.4厘米，花瓣大者4片，小者2片。花丝略长，柱头长1.3厘米，3裂，结实不多。
8.圆叶种树高50厘米，树冠52厘米。主干不显，枝干斜生，略有弯曲，暗灰色。枝干着牛角度50～70度，枝叶着生角度斜展成70度一叶片翠绿，叶而平整光滑。叶脉细而不显，脉数8对，叶齿略浅，齿数20～25对，叶缘向上内翻，叶形如汤匙，叶尖钝如核桃，叶长5.7匣米、宽2.5厘米。萌芽力弱。花多，结实性中等。
9•苦瓜种此茶系产佛国岩，凶叶面隆起，有如苦瓜果实之外形故名。树高150厘米，树冠直径160厘米，主干土黄色，枝条柔软而有弯曲，枝干着生角度50～60度问，枝叶着生角度40～50度。叶色苍绿，叶肉隆起，面皱如苦瓜，叶缘现波状，叶脉粗而显，脉数7～9对，叶齿深而疏，齿数16～30对，叶尖端尖而锐，向下弯垂。叶长10厘米，宽3.3厘米。花稀疏，花期10月下旬至11月下旬，花冠直径4.4～5.5厘米，花瓣大5～6片，小瓣2片，柱头稍长于花丝，在三分之二处3裂。
茶树和其山茶属植物一样，具有雌雄花同株，雌雄蕊同花的形态特征，但具有高度的自交不孕性。这使素来播种繁殖的武夷菜茶有性群体具有典型的遗传杂合性，表现多样性及区域适应性。其叶型主要有：圆形、卵圆、椭圆、长椭网、披针型等5种。用之生产金骏眉，条索紧结；其芽叶色泽，主要有淡绿、黄绿、绿和紫绿。除此之外，还有近黄色和紫红色等表现类型。这些叶色，由于茶多酚、咖啡碱含量低，氨基酸含量高，用之制作金骏眉不苦不涩、鲜爽度高、品质优。
(二)水仙
水仙茶原产地在福建省建阳市水吉镇大湖村，现已有一百多年的栽培历史。据传清道光年问，苏姓者发现于竹(祝)仙洞下，当地“祝”，百多年的栽培历史。据传清道光年间，苏姓者发现于竹（祝）仙洞下，当地“祝”与“水”同音而得名。郭柏苍《闽产录异》亦提到：“瓯宁县六大湖，别有叶粗长名水仙者，以味似水仙花故名……”水仙茶具有天然花香，味浓郁醇厚，汤色浓艳耐沏，特别移植武夷后，由于武夷自然环境条件优于原产地，使水仙高产优质的品种特性，得到了更好的发挥，成为武夷岩茶中最受欢迎的品种之一，故又称“武夷水仙”。在福建省主要分布在北部和南部。1985年被认定为国家品种，编号GSI3009——1985。
水仙属无性系，半乔木，树势高大，高者可达3米以上，枝干直立，质较脆，主干粗大者，直径可达20厘米以上。老枝灰白色，新梢红褐色，节问长，枝叶著生角50度，枝干著生角60度左右，叶最长在15厘米以上，最宽7.8厘米，一般为10厘米×5厘米左右，叶面平滑，浓绿有油光，叶脉粗而不显露，数8～12对，锯齿较疏略深，约29～46对，叶尖不定型，有尖长也有圆钝，叶背绿色，叶底多茸毛而不顺，叶柄扁宽，开花期早，花大而多，不易结实，是高产型品种。不但在武夷，在闽北乌龙茶区都是当家品种，面积产量已超半数以上。
武夷菜茶原产于武夷山，在世界茶树植物学分类上，具有典型的代表性。通常以“武夷”的英语音译“Bohea”来命名，被称为武夷种(thea.bohea)、武夷亚种(ssp.bohea)或武夷变种(var.boboea)。
林奈将茶树分为两个种，其中之一就是武夷种。
1907年，瓦特(GeorgeWatt)调查中国和印度的茶种，进行综合研究，归纳为四大种：
①尖叶变种，
②直叶变种，
③武夷变种，
④尖萼变种。
斯多得1917年研究一切茶树变种的分类及重要植物标本室的茶树标本，也分为四大变种：
① 夷变种，原产福建武夷山中中国东部及日本所栽培的，属此变种；
②大叶变种；
③掸部型变种；
④阿萨姆变种。
1925年，贝利(L.H.Bailey)也分为武夷变种、普通变种、广东变种和阿萨姆变种。
中国茶学家庄晚芳研究认为，所有茶树都是一个种——茶(C.Sinensis)，在种之下分为云南亚种(ssp.Yunnan)和武夷亚种(ssp.bohea)两个亚种。亚种之下再分为8个变种，武夷亚种共分4个变种，其中之一是武夷变种(var.bohea)，并描述：武夷亚种为灌木或小乔木、分枝较密，叶以中、小叶为主，少数大叶，花多、结实率高(不孕变种除外)，茶多酚与咖啡碱含量低，氨基酸含量高，抗寒性强。在我国广大茶区及世界主要产茶国都有分布。
现代茶叶经典专著如《中国茶叶大辞典》(中国轻工业出版社，2000年)、《中国茶经》(上海文化出版社，1992)和《中国茶树品种志》(上海科技出版社，2001)等，都明确认定：武夷菜茶原产福建省武夷山。
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